La Société nautique de Besançon fut créée en 1865, sous le second Empire, faisant de ce club l'un des plus anciens de France. Son slogan est alors aussi audacieux qu'évocateur : « le développement des forces physiques de ses adhérents par le canotage et autres exercices physiques du corps ». Le club compte dès sa création, 52 membres, tous des hommes, qui feront partie du cercle fondateur de la société. En décembre 1865, la société décide de construire un « bateau-concert ». Cette embarcation devait précéder la flotte canotière et ainsi assurer l'animation musicale, c'est alors que l'harmonie nautique est créée.

En 1866, une école de natation est créée et la société établit un ponton dans le secteur des Prés-de-Vaux et la même année, le club acquiert des locaux dans une lunette située près du pont de Bregille.

« Gais compagnons, voguons sur l'onde, rions, chantons tous à la ronde. Nous aimons l'eau mais n'en buvons pas... du canotier la devise est notoire, il aime l'eau mais ne veut jamais la boire. La société nautique a pour drapeau, secours aux malheureux et très souvent la petite marine par son concours a fait bien des heureux. »